Манастирът «Мракония» е построен на мястото на стар пункт а наблюдение и за насочване на плавателните съдове по река Дунав, тъй като поради архитектурата на релефа, чрез стесняването от място на място на дефилето, не е можело да има едновременно преминаване на два плавателни съда. Тези стеснявания и максимални разширявания на реката са наречени „Дунавските котли“.
Мястото, на което е построена тя, се нарича „при балона“ поради тамошния пункт за наблюдение.  «Мракония» е известен и като манастира от Дунавската равнина или при Оградена Веке, село наблизо. Думата „мракония“ означава „скривалище“ или „мътна вода“.
Сегашният манастир е построен на мястото на бившия манастир, «Мракония», построен в долината със същото име. Първоначалният манастир е построен през 1523 г. под юрисдикцията на епархията във Варсет от управителя на граничния регион на Карансебеш и Лугож, бан Никола Гърлищяну. Църквата е посветена на св. Илие Пророк.
Според някои писмени доказателства, манастирът «Мракония» съществува от средата на XV век. Смята се, че е основан през 1453 г. и възстановен след 1800 г. Документално атестиран от 1453 г., манастирът «Мракония» е разрушен по време на Руско-австро-турската война между 1787 и 1792 г., като е възстановев отново през 1968 г.
Така, известният хроникьор Николае Стойка от Хацег, бивш протопоп на Мехадия, пише в хроника от 1829  г., че „заради страх от турците, и особено след нещастната битна при Варна и след завземането на Константинопол през 1453 г., монасите от Мракония са избягали в Оршова“.
Въпреки, че с течение на времето манастирът «Мракония» е разграждан и събарян, през 1788 г. той е бил все още обитаван, а през 1800 г. вътрешната мазилка е все още видима.
През 1823 г. сред руините на манастира е намерен сред руините на манастира е намерен печата на древното светилище, представящ надпис на славянски: „Печат на манастира Лубостиние Храм Успение на Пресвета Богородица Лето 1735.“ Друго откритие е направено през 1853 г., когато под развалините е намерена икона на Дева Мария, занесена по-късно на изложба във Виена от художника Виктор Скрам от Мюнхен.
След създаването на Комитет за действие през 1931 г. започва възстановяването на манастира и поради интензивната дейност на монаха Алексе Удря през 1947 г. се стига отново до вдигане на църквата и покриването й с борови дъски.
Изграждането на водноелектрическата централа при Железни врата I през 1967 г. е довело събаряне на обекта, а неговите останки се наводнени от река Дунав. Манастирът не е получил повече правото да бъде възстановен на друго място. Благодарение на своята съдба, той става известен като „Манастира под вода, Мракония“.
След 1989 г., митрополията на Олтения поема инициативата за възстановяването на манастира «Мракония». През 1993 г. се полатат  основите на новата църква, а през 1995 г., с благословението на Негово преосвещенство Нестор Ворническу и с одобрението на Светия Синод, се възстановява този имот.
Църквата е с тухлена стена във формата на кръст. Разделена е на олтар, наос, притвор и отворено преддверие. Манастирът «Мракония» има монашеска общност.
От оригиналната църква, която в момента се намира под водите на река Дунав, са запазени само царските двери и свещ – в енорийския музея в Ешелница.