Манастирът е основан през 1544 г. Изследвания показват, че там е имало известна занаятчийска работилница. Историята на манастира може да се проследи до траките, които са оставили следи в многобройните пещери наоколо. В близост до манастира има скален венец от основите, на който блика карстов извор, а върху западната му стена са запазени останки от стенописи. Манастира се намира в непосредствена близост до кв. Бистрец на град Враца.

История на манастира:

Сведения за ранното съществуване на Бистрецкия манастир се намират в скалните надписи над самата обител. В тях се говори за основаване или възстановяване на манастира през 1540г. от Димитър Дубов. Над въпросния надпис са нарисувани три сцени от житието на св. Димитър и две от житието на св. Георги. Още по нагоре в скалите се намира Постницата, където според легендата е живял Иван Рилски, на чието име е наречен по-късно и манастира. През 18-19в. стените на постницата са били покрити със стенописи посветени на Рилския светец, които днес са силно повредени. Тогава е построена и църквата „Св.Йоан Богослов“, в която има два слоя стенописи от 16-17в. и от 19в. Дърворезбеният олтар е от 1820г. и в дело на тревненеца Петър Миньов, който е зографисал и част от иконите.

В периода 17-19в. Бистрецкият манастир играел важна роля в културното развитие на района, като тук е функционирало килийно училище и са творили видни книжовници, като Йосиф Брадати и Тодор Врачански. В манастира е имало златарска работилница, от която произхожда известния напрестолен дърворезбен кръст, изработен през 1611г. от чипровските майстори Никола и Пала. През 1822г. в Бистрецкия манастир е основана първата в България щампарска работилница. С тази си дейност монасите поддържали връзки и разнасяли гравюри по руските манастири. Има сведения, че още през 1629г. бистрецките монасите са посещавали Русия.

В епохата на османско робство Бистрецкият манастир е бил убежище и за хайдути, поради което на два пъти е бил разрушаван, но впоследствие е съграден наново. Последното обновление на манастира е през 1867г. по времето на йеромонах Йоасаф. В периода 1894-1928г. манастира е напуснат от монасите си и оттогава се нарича „Пусти“, а през 1928г. е осветен с ново име – „Св. Иван Рилски“.

Архитектура и текущо състояние:

В днешно време Бистрецкият манастир е действащ, като по сведения на наши посетители има монашеско присъствие. На сегашното си място манастира съществува от 19в. От стария манастирски комплекс най-добре е запазена църквата „Св. Йоан Богослов“ датираща от 16в. Тя представлява еднокорабна, триабсидна сграда, с купол върху висок цилиндричен барабан. В църквата има два слоя стенописи. По старите са от 16-17в., като в проскомидийната ниша е запазена „Пиета“ и образа на св. Стефан Първомъченик, а в олтарната апсида са сцените „Причастие на апостолите“ и „Поклонение на жертвата“. Върху западната стена на входа е разположена композицията „Страшният съд“ рисувана през 1867г. по времето на йеромонах Йоасаф. Запазен е и дърворезбения иконостас, изработен през 1820г. от тревненския майстор Петър Миньов. Същият майстор е автор и на част от иконите в храма.

На около 15 км От Бистрецкия манастир се намира пещерата „Леденика“, която е един от 100-те национални туристически обекта на Бълграски Туристически Съюз.