Музеят Хистрия помещава някои от най-важните открития на крепостта и нейната територия. Колекцията се състои от глинени и каменни предмети на лични и домакински вещи, скулптури, архитектурни детайли, надписи. Те са разпределени по периоди (гръцки и римски, късноримски), като се следи тяхната последователност във времето. По този начин, стаите от партера са предназначени за архаичната, класическата и елинистическата Хистрия, а тези от горния етаж за римската и късноримската Хистрия.
На входа хората могат да се полюбуват на красив мраморен фриз, принадлежащ на хистрийски паметник от края на II век и началото на I пр.Хр. Той е бил идентифициран в непосредствена близост до гражданската базилика, разположена от южната страна на улицата, която започва от главната порта на града, на изток.
Реализирано в neo-attic стил, релефът има изобразени върху предната част образите на Аполон, Hephaistos, Посейдон, Ерос, Афродита, Атина, Зевс, Хермес и Хера, а странично фигурата на Аполон в позицията на Хелиос. В първата стая (в L-образна форма), зад една витрина, в която са изложени основните публикации за Хистрия, следват други пет, които съдържат фрагменти от керамика, принадлежащи на Хаманджия (ранния енеолитик, около 5 000-4 500г. пр.Хр.) и Бабадаг (XI-VII в.пр.Хр..) (виж картата).
Между тях се намира статуята менхир, открита в Хаманджия (Бая) в една могила, датираща от началото на бронзовата епоха (III хилядолетие пр.Хр.).
Следва поредица от витрини, които включват архаична керамика (края на VII век -VI век в.пр.Хр.): гръко-източни (чаши, амфори от Клазомене), коринтски, атински с черни фигури, фрагменти от каменни съдове, оброчни статуи от теракот, езерце малахит.
В съседната стая може да се види един фрагмент от Kuros (мрамор, 560-550г. пр. Хр., вероятно ирландски стил) и един много хубав капител датиращ от първата половина на V век пр.Хр.. Заедно с този впечатляващ капител, други мраморни архитектурни фрагменти, принадлежащи към декорацията на една и съща сграда или други храмове, допълват образа на изключителното развитие на града през вековете V и IV век пр. Хр.
Напускайки стаите от партера, посетителят може да се възхити на серия от олтари, звезди и други скулптури с оброчен или погребален характер. Припомняме само, че олтарът, посветен на Асклепий, в който е спомент произхода на култа към този бог: град Пергам. От дясната страна са изложени и някои архитектурни обекти: йонийски капители, йонийска (езическа) структура и късноримски коринтски капител.
