Манастирът е основан през ХVІІ в. и е едно от най – старите култови средища, посветено в служба на зетя на пророка Мохамед – Али. Съществува народна легенда за лечебните способности на Али баба, който успял да излекува дъщерята на цар Иван Шишман. За да изрази своята благодарност, царят му дава парцел земя да построи манастир.
В двора на манастира се намира култова сграда, в която са погребани четирима от ръководителите на манастира през различните епохи. През 70 – те години на ХХ в., изпълнявайки поръченията на Българската комунистическа партия за унищожаване на религиите, сградите в манастира са съборени. Оставена е само тази, в която са погребани четирима духовни водачи на алианите.
Алианите са мюсюлмани- шиити, повлияни от организацията на суфийските ордени на бекташите. Преселели са се в българските земи през 30-те години на XVI век. Верската система на алианите в България смесва тюрски, ислямски, дуалистични и християнски характеристики.