В Килифарево има две църкви – „Св. Арахангел Михаил“ и „Св. Богородица“ („Успение пресветия Богородици“). Едната се намира в Горната махала – Църква “ Св. Арахангел Михаил”, която образува и нейната отделна „енория“, а другата е енорийската църква в „Долната махала“.
Църквата „Св. Арахангел Михаил“ е по-стара и е съществувала още по времето на Втората българска държава. По настояване, на будните килифаревчени, Високата порта им е разрешила да си построят църква. Това се потвърждава от документ намерен в София, в който се казва:
„От Дунавския вилает до Високата порта – да се построи нова черква за 4 махали спадащи към границите на Килифарево.“
(Русчук 28 ден сввел 1290 темиз 1289 г.)

За нея преданието говори, че през 1518г., когато султан Селим I (16.12 – 1520г.) издал заповед всички каменни християнски храмове, даже цариградските, да бъдат преобърнати в джамии, ходжата в селото, който бил голям приятел на местния свещеник и го уважавал искрено, независимо от верските си убеждения, му съобщил тайно султанската заповед. Тогава неизвестният църковен служител се решил на смела и героична постъпка. За да спаси божия храм от порутване и оскверняване, сърцатият поп събрал всичките църковни ценности – напрестолно евангелие, посъдини, кръстове, дарохранителницата, проскомидийни принадлежности, одежди и др. някои богослужебни предмети и книги и забягнал във Влашко. В последния момент той подпалил и самата църковна сграда, която изгоряла до основи.
Едва през 1871 г. килифаревчени издигнали на мястото и нова сграда, която била наречена пак на името на старата – „Св. Арахангел Михаил“. Всичко, каквото било спасено от старата църква, селяните пренесли в другата църква – „Св. Богородица“.