Мюсюлманската семинария е създадена в Бабадаг през 1610 г., със завещателното дарение на военния командир в зоната, генерал Гази Али Паша, който финансирал и изграждането на джамията в Бабадаг, където е погребан. Семинарията продължава дейността на най-старата medrese^⁠(en) в Добруджа, разположена в Бабадаг и открита през 1484 г., по времето на султан Баязид II^[1] Семинарията е функционирала спорадично до след Войната за независимостта на Румъния, когато Добруджа се връща на Румъния.

През 1880 г., Михаил Когълничану се произнася за допускането на езика на основните малцинства като учебен език. Тръгвайки от този принцип, румънските власти назначили учители, наречени „ходжи“, които да учат децата на турски език, дори и в румънските училища, посещавани от мюсюлмански деца. В програмата на Нормалното училише за начални учители и преподаватели в Констанца, създадено през 1883 г., фигурирало като задължително изучаването на турски и български език.

Имайки предвид съществуването на бившата семинария в Бабадаг, Законът за организация на Добруджа от 9 март 1889 г., чл. 21, решава: „В гр. Бабадаг да се основе мюсюлманска семинария с цел да обучи ръководители на джамиите и да преподава принципите на мюсюлманската религия. Това училище ще се издържа от държавата”.

През 1901 г., Спиру Харет премества семинарията в Меджидия на място, предоставено безплатно от местната мюсюлманска общност. Семинарията предлагала часове по арабски и тълкуване на Корана, освен други материи, свързани с образоването и съхраняване традициите на турско-татарското малцинство. Завършването на този семинар дава правото за титлата мюсюлмански духовник.

Заедно с настаняването на социалистическия режим в Румъния, той не се включва в подкрепата на малцинствата. През 1967 г. Семинарията в Меджидия, единствената институция, която се заемала с преподаването на турски език и четене на Корана на арабски, с подготовка на духовници, които да станат имами, е затворена с мотива липса на кандидати.

След 1990 г., президентът на Румъния, Йон Илиеску, и президентът на Турция, Сюлейман Демирел, подписват протокол за повторно откриване на мюсюлманската семинария и за реконструирането на комплекса от сгради на бившата мюсюлманска семинария в Меджидия, с което турската страна се ангажира да финансира изцяло тази сграда.

През 1995 г., друг протокол сключен между двете държави трансформира мюсюлманската семинария в Меджидия в Педагогически и технологичен лицей „Мустафа Кемал Ататюрк”, финансирано от правителството в Анкара. Лицеят има и общежитие. През 2000-2001 г. лицеят става Национален колеж „Кемал Ататюрк”.