Църквата „Св. 40 мъченици” е построена и зографисана по волята на българския цар Иван Асен ІІ, в чест на голямата му победа над епирския деспот Теодор Комнин през 1230 г.
В средата на ХІІІ в. около храма се създава царският манастир „Великата лавра”. Знаменитата търновска църква е център на редица важни събития. В нея се намират едни от най-емблематичните паметници на българската историческа памет – колоните на хан Омуртаг (815–831) и на самия цар Иван Асен ІІ с известните надписи върху тях. Използвана е една колона и от времето на хан Крум (803–814).
При археологически проучвания проведени в манастирския комплекс са разкрити гробовете на редица видни личности от Средновековието. Най-голям интерес сред тях буди този на българския цар Калоян, починал при обсадата на Солун през 1207 г. След смъртта му българските войски пренасят тържествено тялото на владетеля в столицата, където той е погребан с държавни почести. В църквата се намират и гробовете на един от най-великите български царе Иван Асен ІІ и неговата съпруга Ана-Мария.
В храма са се пазели мощите на св. Иларион Мъгленски. Тук е и гробът на св. Сава Сръбски. Делото на неговия живот е учредяването на самостоятелната Сръбска архиепископия (1219 г.). Впоследствие мощите му са пренесени в Сърбия, но гробът му и сега продължава да е обект на поклонничество. Църквата “Св. 40 мъченици” е свързана с редица събития от най-новата история на България, най-важното сред които е обявяването на нейната независимост на 22 септември 1908 г.