Date istorice atestă faptul că în secolul al XIV-lea aici a fost o bisericuță din lemn ridicată de Mircea cel Bătrân după victoria de la Rovine.
Locașul actual a fost zidit între anii 1654 – 1658 și este a doua biserică de piatră, ca vechime, din zona Craiovei. Există mai multe documente care ar sugera că mănăstirea a existat la începutul secolului al XVI-lea. Un document de la 6 iunie 1607 arată că satul Jimnic de lângă mănăstire este vândut marelui ban Preda Buzescu pentru douăzeci de mii de aspri, care sunt dăruiți lăcașului de cult. Un alt document de la 8 octombrie 1612 arată că Maria Stolniceasca dă o carte mănăstirii Jitianu prin care îi dăruiește un sălaș de țigani.
Istoricul Nicolae Iorga îl menționează în „Inscripții”, ca fondator al mănăstirii vechi de la începutul secolului al XVI-lea, pe stolnicul Jițianu. Din alte documente s-a constatat că încă din 12 mai 1613 mânăstirea Jitianu avea peste jumătate din satul Jimnic, iar la 7 noiembrie 1616, Alexandru Iliaș Voievod scutește de dări și impozite partea din satul Jimnicu care era a mănăstirii. La 16 aprilie 1625, mănăstirea Coșuna vinde mănăstirii Jitianu funia de pământ cu opt mii de aspri galbeni.
Datele istorice spun că întemeietorii mănăstirii sunt boierii Craiovești – Banoveți (Barbu, Radu, Pârvu, Danciu) deoarece mănăstirea a fost sub îngrijirea urmașilor Craioveștilor: Radu Șerban, Constantin Brâncoveanu și chiar Ștefan Cantacuzino. Din alte documente rezultă că înainte de doamna Bălașa, se găsesc menționați drept ctitori ai locașului boierii Bengești și Maria din Obede (Obedeanu), aceștia au fost îngropați la mănăstire.
Actuala mănăstire a fost construită între anii 1654 – 1658 din porunca doamnei Bălașa, care era soția domnitorului Constantin Șerban Basarab. A fost terminată în 1701 de egumenul Popa Luca de la Sfetagora și de Petru Obedeanu care era mare armaș. Conform unei inscripții din 1731, tot atunci au fost zugrăvite tinda și chiliile. Alte reparații au fost făcute în 1812, de Arhimandritul Dorotei Craioveanul și 1856, când a fost restaurată și pictura despre care nu există alte date.
După secularizarea averilor mănăstirilor din 1864, la Jitianu n-a mai fost viață monahală. Între anii 1864 – 1873 aici a funcționat o școală de agricultură, care a fost mutată la Herăstrău (astăzi București).
Lăcașul a rămas ca biserică parohială a satului Balta Verde, până în anul 1914, când biserica a fost închisă pentru că ajunsese într-o stare avansată de degradare.
Între anii 1925 – 1932, Comisia Monumentelor Istorice, ajutată și de credincioșii din zonă, a reparat biserica, fără a-i aduce modificări esențiale. După 1939, mănăstirea a fost locuită de maici. Acestea au construit chiliile actuale, și au înființat ateliere de țesătorie, cusături și covoare. Tot ele au ridicat și construcțiile gospodărești.
