Numele medieval al cetății Severinului ar putea avea trei origini posibile: una latină, asociată numelui împăratului Septimiu Severus; una slavă, asociată cuvântului “severnâi”, tradus prin cuvântul „din nord” sau „nordic”; una religioasă, asociată sfântului Severin de Noricum, sfânt protector în Evul Mediu al bisericii latine din incinta cetății medievale când aceasta era utilizată de călugării misionari catolici veniți din regiunea Austriei superioare (Noricum).
Ruinele care se văd astăzi nu provin doar de la o singură construcție. Existau două incinte, una interioară și alta exterioară, cea din urmă împrejmuită de un șanț. Ca urmare a săpăturilor s-au scos la iveală o serie de turnuri pătrate care flanchează curtea interioară; două sunt așezate pe latura care flanchează incinta interioară, două sunt așezate pe latura sudică în capetele extreme, iar alte două situate pe latura interioară a zidului de apărare. Din turnul ce se află în partea de nord-est se mai păstrează un perete, ce ajunge până la înălțimea a trei etaje, el având 11 m, o lungime de 9 m și o lațime de 2,5 m.
Primul ban de Severin, Luca, a fost menționat în 1233. Anul 1233 poate fi luat ca dată de naștere a unei noi cetăți peste ruinele Drobetei, sub numele de Severin (Severinopolis) (ceea ce a stat și la baza Banatului de Severin, Terra Zeurino, Tara Severinului). Numele de Severin a fost preluat în amintirea împaratului Septimiu Sever, cel care ridicase Drobeta la rangul de colonie. Tot în această perioadă este probabil ca s-a executat Cetatea Grădetului.
În 1247 regatul ungar i-a adus în țară pe Cavalerii Ioaniți, dându-le reședința la Severin , unde aceștia vor construi cetatea medievală a Severinului (Castrul Zeurini menționat în Diploma Cavalerilor Ioaniți din anul 1247), puternică fortăreață, în incinta căreia a fost construită și o biserică gotică, probabil sediul episcopiei catolice de la Severin , care s-a aflat aici până în anul 1502. Cavalerii se vor retrage în 1259, cetatea rămânând în bataia tunurilor turcilor, bulgarilor și tătarilor ce voiau să treacă Dunărea, respectiv a ungurilor care atacau Oltenia. La sfârșitul secolului al XIII-lea regele Ștefan al Ungariei a purtat cinci războaie cu țaratul bulgar pentru apărarea Cetății Severinului.
Voievozii români și-au disputat și ei întâietatea asupra redutabilei cetăți cucerind-o sau revendicând-o în răstimpuri. Pentru ea a murit Litovoi, iar Basarab I l-a umilit pe Carol Robert de Anjou la Posada în 1330. Mircea cel Bătrân a înființat Bania Severinului, iar în 1406 încheia un tratat de alianță cu Sigismund al Ungariei chiar la Severin. După moartea lui Mircea, Sigismund va elibera Cetatea Severinului ocupată de turci și va face chiar unele concesii mănăstirilor Vodița și Tismana. Apoi Banatul de Severin revine lui Iancu de Hunedoara, care întărește toate cetățile de la Dunăre.
După căderea Constantinopolului în anul 1453, atacurile asupra cetăților dunărene s-au întețit. În 1524, după un atac devastator al turcilor lui Soliman Magnificul, din cetatea Severinului a mai rămas în picioare doar un turn, ceea ce a dus la numirea locului de către mehedințeni cu numele de “Turnul lui Sever”. Timp de aproape 300 de ani cetatea a fost rezidită după fiecare bătălie dată aici pentru apărarea Țării Românești, împotriva ungurilor și turcilor. Fosta Drobeta renăscuse. În această perioadă de trei secole au coexistat două biserici creștine, catolică și ortodoxă.
