După Revoluția din 1989, la 17 august 1990, la dorința credincioșilor, Mitropolia Olteniei reînființează mănăstirea,  începută în 1936.

Păstoria a fost încredințată Arhimandritului Policarp Sidor.

În zonă n-a fost în trecut viață monahală, dar după întâmplările lui Petrache Lupu s-au așezat aici câțiva călugări, iar pe malul Dunării – o mică obște de călugărițe.

Aici, „la buturugă”, unde a început să slujească un călugăr, era și un stareț cu numele de Nicanor.

Tot atunci, a început construirea unei mari biserici cu scopul de a perpetua mesajul Maglavitului și a îl răspândi.

Biserica mare din zid de cărămidă a fost plănuită și proiectată pe piloni pentru a fi ferită de apele Dunării.

În prezent, datorită construirii unui dig, apa nu mai amenință biserica.

Ridicarea bisericii a început în 1936 și s-a continuat, dar în mai mică măsură, până în 1940.

După 1990, s-a închis subsolul și parterul cu cărămidă, constituindu-se astfel locul pentru slujbe.

În 2010, în urma întrunirii Consiliului Eparhial al Arhiepiscopiei Craiovei, s-au luat mai multe hotărâri privind reorganizarea și dinamizarea vieții monastice din județele Dolj și Gorj.

IPS Irineu, Arhiepiscopul Craiovei și Mitropolitul Olteniei, a binecuvântat și a consfințit stareții și starețele alese.

Astfel, în baza temeiului nr. 955/2010, Mănăstirea Maglavit a fost transformată din mănăstire de călugări în mănăstire de maici după ce Protosinghelul Valentin Vladimir Dărângă, fostul stareț al Mănăstirii Maglavit, a fost numit în demnitatea de mare eclesiarh al Catedralei mitropolitane „Sfântul Dumitru” din Craiova.

La conducerea mănăstirii a fost numită ca stareță maica Maria Manuela Mărgineanu de la mănăstirea Sfânta Treime, localitatea Strâmba, județul Gorj.

Slujba de investire a fost oficiată de către Înalt Prea Sfințitul Irineu în sobor cu trei preoți, Părintele Consilier Gheorghe Zamfir, Părintele Protoiereu Pîrvu Cornel și un viitor păstor duhovnicesc, părintele Claudiu Marius Cimpoeru, aflat în practică la Sfânta Mănăstire.

Tot în cadrul acestei slujbe, a fost numit ca preot duhovnic al mănăstirii Ieromonahul Mateescu Paulin care a slujit la Mănăstirea Sadova, județul Dolj.