Mănăstirea Mraconia a fost ridicată pe locul unui fost punct de observație și dirijare a vaselor de pe Dunăre, căci datorită arhitecturii reliefului, prin îngustimea din loc în loc a defileului nu putea avea loc trecerea simultană a două vase. Aceste îngustări și lărgiri maxime ale fluviului au primit numele de „cazanele Dunării”.
Locul pe care a fost ridicată aceasta se numea “la balon”, datorită punctului de observație de acolo. Mănăstirea Mraconia a fost cunoscută și ca mănăstirea din Valea Dunării sau de la Ogradena Veche, o comună din apropiere. Cuvântul „mraconia” înseamnă „loc ascuns” sau „apă întunecată”.
Actuala mănăstire este ridicată pe locul fostei mănăstiri Mraconia, ridicată în valea cu același nume. Mănăstirea inițială a fost ridicată în anul 1523 sub jurisdicția Episcopiei de la Varset de către dregătorul regiunii de graniță a Caransebeșului și Lugojului, banul Nicola Gârlișteanu. Biserica a primit hramul Sfântului Prooroc Ilie.
După unele mărturii documentare, mănăstirea Mraconia a existat încă de pe la jumătatea secolului al XV-lea. Se crede că a fost ctitorită în anul 1453 și refăcută după anul 1800. Atestată documentar de la 1453, Mănăstirea Mraconia este distrusă în timpul războiului ruso-austro-turc dintre anii 1787 și 1792, fiind refăcută și demolată din nou în 1968.
Astfel, renumitul cronicar Nicolae Stoica din Hațeg, fost protopop al Mehadiei, scria într-o cronică din anul 1829 ca „de frica turcilor, și îndeosebi după bătălia nefericită de la Varna și după ocuparea Constantinopolului în 1453, călugării de la Mraconia s-au refugiat la Orșova”.
Deși în decursul timpului mănăstirea Mraconia a fost degradată și dărâmată, în anul 1788 aceasta era încă locuită, iar în anul 1800, tencuiala interioară înca era vizibilă.
În anul 1823 s-a găsit, între ruinele mănăstirii, sigiliul vechiului locaș care prezintă inscripția în limba slavonă: „Peceat mănăstirea Lubostinie Hram Uspenia Presvistaia Bogaraditi Leto 1735.” O altă descoperire a fost făcută în anul 1853, când s-a mai găsit sub ruine o icoană a Maicii Domnului, dusă mai târziu la o expoziție din Viena de pictorul Victor Schram din Munchen.
Ca urmare a constituirii unui Comitet de acțiune, din anul 1931 s-a început reconstruirea mănăstirii și, datorită activității intense a monahului Alexe Udrea, în anul 1947 s-a ajuns la ridicarea din nou a bisericii și acoperirea ei cu șindrilă.
Construirea hidrocentralei de la Porțile de Fier I realizată în anul 1967 a făcut ca așezământul să fie demolat, ruinele sale fiind inundate de apele Dunării. Mănăstirea nu a mai primit dreptul de a fi reconstruită în alt loc. Datorită soartei sale, aceasta a ajuns să fie cunoscută sub numele „Mănăstirea de sub ape, Mraconia”.
După anul 1989, Mitropolia Olteniei a avut inițiativa reînființării Mănăstirii Mraconia. În anul 1993 se pune piatra de temelie a noii biserici, iar în anul 1995, cu binecuvântarea P.S. Nestor Vornicescu și cu aprobarea Sfântului Sinod, se reînființează acest așezământ.
Biserica este din zid de cărămidă, în formă de cruce. Este compartimentată în altar, naos, pronaos și pridvor deschis. Mănăstirea Mraconia are o obște de călugări.
De la biserica inițială, care acum se află sub apele Dunării, se mai păstrează doar ușile împărătești și o candela – în muzeul parohial de la Eșelnița.
