În luna martie 1990 s-a constituit, în municipiul Drobeta Turnu Severin, Societatea „Vodiţa”, având binecuvântarea vrednicului de pomenire Nestor Vornicescu, Mitropolitul de atunci al Olteniei. La propunerea acestei fundaţii, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a aprobat, în şedinţa din luna ianuarie 1991, reînfiinţarea Mânăstirii Vodiţa, ca mânăstire de călugări cu viaţă de obşte.
Lucrările pentru noua Mănăstire Vodița au început după anul 1991, piatra de temelie a mănăstiri fiind sfințită în anul 2001. Mai apoi, între anii 1991-1995, puțin mai sus s-a construit un corp mare de chilii, în care se află stareția și trapeza mănăstirii; în anul 1995 s-a început ridicarea unei biserici din lemn, în stil maramureșan. Catapeteasma și stranile au fost sculptate de meșterul Vasile, din Sighetul Marmației, iar pictura în frescă, pe tencuială, a fost lucrată de meșterii Eugen și Florica Papici.
Mănăstirea Vodița a fost sfințită în data de 29 iulie 2001, de către Înalt Preasfințitul Teofan, Mitropolitul Olteniei. În drum spre actuala mănăstire, pe partea stângă a drumului, se pot vedea și astăzi câteva ruine rămase de la cea mai veche mănăstire ortodoxă din Țara Românească.
Ruina Mănăstirii Vodița reprezintă cea mai veche ctitorie voievodală atestată documentar și, totodată, primul așezământ monahal din România administrat autonom, după regulile specifice Bisericii Ortodoxe, stabilite în canoane de Sfântul Vasile cel Mare.
Mănăstirea Vodița a fost întemeiată în secolul al XIV-lea, pe teritoriul comunei Vârciorova, în apropierea graniței dintre imperiul Austro-ungar și Țara Românească. Mănăstirea a fost ridicată între anii 1370-1372, de către Sfântul Cuvios Nicodim cel Sfințit de la Tismana, pe cheltuiala domnitorului Vladislav I – Vlaicu Vodă.
Mănăstirea Vodița, recunoscută drept autonomă, a devenit cel mai puternic centru duhovnicesc, cultural și misionar al zonei. Desele atacuri ale turcilor asupra cetăților de la Dunăre au determinat însă mutarea centrului monahal într-o zonă mai sigură.
Următoarea apariție în istorie a Mănăstirii Vodița va avea loc în data de 14 octombrie 1662, când un hrisov amintește primirea unei danii de 350 de ruble, din partea țarului Alexei Mihailovici, de către arhimandritul Nicodim, starețul de la Vodița. Mai apoi, un document din data de 15 iunie 1689 amintește că Mănăstirea Vodița a fost rezidită de Cornea Brăiloiu, care deținea funcția de “mare aga”. În anul 1700, cinstita Mănăstire Vodița apare iarăși, de această dată, pe harta mănăstirilor din Oltenia, întocmită de stolnicul Constantin Cantacuzino. În data de 10 martie 1705, un hrisov emis de Sfântul voievod Constantin Brâncoveanu acorda Mănăstirii Vodița scutiri de taxe.
După anul 1718, în urma războiului austro-turc, încheiat cu pacea de la Passarovitz, mănăstirea decade iarăși, ea mai apărând doar pe o hartă întocmită în anul 1720. În data de 5 septembrie 1891, când episcopul Ghenadie al Râmnicului efectuează o vizită canonică la Mănăstirea Vodița, el constată starea avansată de degradare: biserica mai avea doar câteva ziduri, iar chiliile erau dărâmate până la temelie.
