Biserica din Orșova este amintită prima dată la anul la 1660, de către un călător turc, Evlija Celebi. Acesta scria că în “orașul” Orșova “ghiaurii” (creștinii) “au și o biserica a lor”. Este prima amintire a bisericii care va purta mai târziu hramul “Sfântului Nicolae cel Sarac”, ea fiind regăsită apoi pe hărți militare din secolul al XVIII-lea.
Tot în secolul al XVIII-lea, cronicarul Nicolae Stoica de Hațeg scria că după 1730 în Orsova Veche s-a ridicat aici și o mănăstire catolică cu călugări. Dar aceștia au plecat definitiv de aici, spre interiorul Imperiului Austriac, în anul 1737, îndată după izbucnirea noului război Austro-otoman.
Prima biserică din piatra și zidărie s-a construit, probabil, în anul 1746, în anul 1790 profesorul Daniil Laitin din Orșova scriind că, deja, “românii din Orșova au o biserică și o școala a lor”. La începutul secolului al XIX-ea biserica este dotată cu primele ei clopote, primul în anul 1808 fiind turnat la Timișoara, cel de al doilea, din anul 1811, la Graz.
Biserica nouă, monumentală, una dintre cele mai mari din zonă, apare pe planul Orșovei realizat în anul 1816 de căpitanul Johan von Pavici, pe latura vestică a spațiului sau de protecție figurând și locuințele-chilii pentru cei ce deserveau biserica și școala. Tot în aceste încăperi a funcționat mai târziu școala și a locuit învățătorul.
Sfințirea bisericii a avut loc la 18 septembrie 1817, fiind săvârșită de episcopul Varsetului, Petru Ivanovici Vidac.
Biserica aceasta a fost descrisă, în anul 1841, de către calatorul Hans Christian Andersen, care scria că “bula de aramă a turlei bisericii strălucește în soare”. Apoi, în anul 1849, ea apare și într-o gravură care ilustrează volumul “Le Danube illustré…” de Bartelett-Sazerac.
În această biserică slujba religioasă se făcea în limbile română și sârbă. Deoarece românii erau 70% din credincioși, iar sârbii 30%, în anul 1871, o comisie mixtă a stabilit părțile din Sf. Liturghie care vor fi făcute în limba română și care în limba sârbă. Învoiala a rămas în vigoare până la sfârșitul Primului Război Mondial.
În anul 1896, bisericia a fost complet renovată. A fost modificată și reacoperită cu cupru turla, forma ei rămănând neschimbată până la strămutare, ba chiar și în orașul nou. Tot cu acea ocazie cele două clopote construite la începutul veacului au fost mutate din clopotnița exterioară în turla bisericii. Clopotele acestea au fost rechiziționate în anii Primului Război Mondial, de către autoritățile austro-ungare.
Între anii 1924-1926 s-a trecut la restaurarea completa a bisericii, în primul an fiind înlăturată întreaga tencuială interioară până la cărămidă și aplicându-se o tencuială nouă. De asemenea, s-a lucrat și la întărirea fundației bisericii și pardoselii, ocazie cu care s-a găsit cripta cu sicrie și oase din vechiul cimitir aflat în jurul bisericii.
Ca urmare a strămutării orașului, între anii 1968-1970 biserica veche și casele care îi aparțineau au fost demolate, iar între anii 1969-1970 s-a construit biserica din Orșova-Sud tot cu hramul “Sf. Nicolae”. Noua construcție respectă planurile vechii biserici, declarată monument istoric. Sfințirea noii biserici a avut loc la 10 octombrie 1971. Între anii 1982-1984 s-a realizat noua pictură a bisericii. Sfințirea picturii bisericii a fost săvârșită la 20 octombrie 1985.