În anul 1570, jupânița Celea, străbunica domnitorului Matei Basarab, construiește pe locul actualului paraclis o bisericuță din lemn, la care slujeau călugării. Prima atestare documentară a acesteia datează din anii 1582-1583, când Mihnea Turcitu întărește daniile făcute mai înainte. Cel mai vechi document de atestare păstrat este actul de danie din anul 1583, hrisovul din anul 1508, de care face amintire marele savant Nicolae Iorga, nemaifiind găsit.
În urma vindecării, cu apa izvorului din incinta mănăstirii, în semn de mulțumire adusă lui Dumnezeu, Matei Basarab, împreună cu nepotul său, Preda Brâncoveanu – bunicul Sfantului Constantin Brâncoveanu, refac mănăstirea între anii 1634-1640.
Cei doi construind chiliile, turnul clopotnița, casele și beciurile domnești, pictează ctitoria strămoșilor săi și ridică ziduri de apărare, dând așezământului un aspect de fortăreață. Din vremea lui Matei Basarab se păstrează turnul-clopotniță, spațioasele pivnițe boltite, precum și zidul de apărare prevăzut cu creneluri.
Biserica cea mică, închinată Sfinților Arhangheli Mihail și Gavriil, a fost ridicată în anul 1700 și a devenit ulterior bolnița mănăstirii.
Sfântul Constantin Brâncoveanu hotărăște restaurarea mănăstirii. Cei doi fii ai săi mai mari, anume Constantin și Stefan, au pus piatra de temelie a bisericii celei mari, cu hramul Adormirea Maicii Domnului. Construcția acesteia a durat numai două luni, la 15 august 1699 ea fiind tarnosită.
Vremurile au fost grele pentru această mănăstire. Astfel, în timpul războiului turco-austriac (1716-1718) aceasta a fost parțial arsă, iar după un mare cutremur, pagubele au fost iarăși semnificative. Între anii 1721-1727, mănăstirea de la Brâncoveni a fost tranformată în cazarmă austriacă.
Avariată grav în urma cutremurului din anul 1837-1838, biserica cea mare a fost parțial recladită, în anul 1842.
Secularizarea averilor mănăstirești, petrecută în vremea lui Alexandru Cuza, în anul 1864, a transformat Mănăstirea Brâncoveni într-un modest așezământ monahal.
Între anii 1940-1959, mănăstirea a fost ocupată de o obște de maici, dar în urma decretului 410, din anul 1959, dat de Gheorghiu Dej, ea a fost desființată, în incinta acesteia înființându-se un azil de bătrâni. Mai apoi, vreme de aproape 20 de ani, locul a rămas părăsit.
Abia după anul 1980 au fost aduse aici câteva maici de la Mănăstirea Clocociov și au început primele reparații. Biserica cea mare s-a redeschis însă abia în anul 1985, ca mănăstire de maici.
Biserica cea mare, reconstruită în anul 1700, tot in stilul arhitectural brâncovenesc, este zidită în formă de cruce, fiind compartimentată în altar, naos si pronaos. Pridvorul acesteia este deschis, susținut de opt coloane din piatră, dispuse în centru.
Biserica are o turlă pe naos, de factură mai nouă, cea veche prăbușindu-se la cutremurul din anul 1837, iar ușile sunt masive, din lemn de stejar sculptat, cu o compoziție compartimentată și cu un modelaj bogat. Catapeteasma bisericii este cea originală, din lemn, având încă și azi o sculptură bogat ornamentată, aurită. Bolnița datează din anul 1702, aceasta fiind construită în plan triconc.
În beciul cel mare al mănăstirii, s-a amenajat un lapidariu model, unde au fost adăpostite vremelnic și sculpturi de la bisericile dărâmate din București.