Muzeu a fost inaugurat la 3 iunie 2006. Profilul general al muzeului este arheologic, profilul principal fiind arheologie prehistorică, arheologie daco-romană, istorie.
Clădirea care găzduiește muzeul a servit de-a lungul timpului ca centru de pompieri, casă a pionierilor. Restaurată și salvată de la demolare clădirea prezintă, în cele 5 săli și un hol, o colecție de arheologie preistorică și romană locală și regională, piese de artă decorativă din sec. XIX, monumente și personalități care au marcat istoria și imaginea orașului.
Sala 1 prezintă perioada neo-eneolitică (5500-2500 i.e.n). Aici se regăsesc „Gânditorul și perechea sa”, capodoperă a sculpturii neolitice descoperite la Cernavoda într-un mormânt din necropola de inhumare de pe Dealul Sofia (1956). În zonă au fost identificate așezări și necropole apartinand culturilor Hamangia, Gumelnita, Cernavoda I, III si II cu un bogat inventar arheologic: ceramica, arme, unelte din silex, podoabe și obiecte de cult (mileniul V i.Hr), material osteologic.
Sala 2 prezintă perioada Hallstattiana – prima epocă a fierului ( 1200- 450/300 i.e.n ) care cunoaște manifestări culturale cu trăsături specifice. Denumirea culturii este dată după localitatea cu același nume din Austria. În mai multe puncte din zona Cernavodă sunt atestate așezări și necropole ce aparțin mediului cultural Babadag II si III: pe Dealul Sofia este menționată existența unui oppidum tracic hallstattian (sec.X-VIII a. Chr.) apărat de un val de pământ și piatră. Poate fi admirat inventarul funerar al unui mormânt elenic din Medgidia de sec. II a. Chr., vase hallstattiene din zona Cernavodă și Rașova – Malul Roșu, ceramica greacă de import, vase grecești de uz comun (sec. III-II a. Chr), recipiente amforice de Heracleea Pontica și Chios ( sec. IV a. Chr ), urne funerare.
Sala 3 este dedicată perioadei de început a ocupării Daciei de către romani în urma a două mari războaie încheiate cu cucerirea teritoriului dintre Carpați-Dunăre-Pont și transformarea lui în provincie imperială romană. În urma unor cercetări, marele arheolog Grigore Florescu a descoperit la Cernavoda o carieră de piatră exploatată de romani cu reprezentarea unui Hercule Saxanus (Ripensis) a cărui imagine poate fi admirată în o planșă expusă în sală (originalul se află la Muzeul de istorie națională și arheologie Constanța). Pot fi văzute emisiuni monetare, dinari romani republicani proveniți din descoperiri izolate. Se regășeste de asemenea ceramica romană descoperită la Rașova, Cernavodă, inscripții pe cărămizi cu nume de unități militare cantonate în zona.
Sala 4 corespunde perioadei romane târzii ( sfârșitul sec. III-IV e.n ) și prezintă vestigii ale prezenței romanilor la Axiopolis, Capidava, Sacidava și Basarabi. Poate fi studiat un plan al cetății și pe etapele sale de construcție. Dovezi ale existenței creștinismului în Scitia Minor: placa mormântului hypogeu, datat sec. VI, din afara cetății Axiopolis, reproducerea unei plăci de calcar cu menționarea a trei martiri: Chindeas, Chiril și Dasius (Tasios)(sec. IV), obiecte din fir și bronz și o hartă a valurilor de pământ din Dobrogea.
Holul muzeului, dedicat sec. IXI-XX, este evocată personalitatea lui Anghel Saligny, macheta podului construit de marele inginer inaugurat în 1859, această minunată împletitură de fier care a răzbătut timpul până la noi, un album cu etapele construcției podului, imagini cu cel mai mare obiectiv de construcții al României – Canalul Dunăre-Marea Neagră.
