Școala a fost înființată în chiliile de la Biserica Obedeanu, ctitorită de marele boier Constantin Obedeanu.

Fiul lui Constantin Obedeanu a închinat biserica ridicată de tatăl său către episcopul Grigorie al Râmnicului Noului Severin. Ulterior, aici s-a înființat prima școală din Craiova de învățătură cu un dascăl de slavonă și unul de greacă. Această școală de la biserica Obedeanu din anii 1774-1775 a fost prima școală din Oltenia.

Școala a fost pentru prima dată menționată în hrisovul lui Alexandru Ipsilanti din 26 aprilie 1775. A fost, timp de 100 de ani, singura școală elementară din Craiova și a doua școală națională în limba română din Țara Românească.

La 1803, școala de învățătură obștească de la mânăstirea Obedeanului din Craiova a fost recunoscută și organizată ca școală pentru fiii boierilor, cât și a altora din “scăpătate obraze, câți au râvnă și iubesc învățătura”.

Astfel organizată, școala a funcționat, cu unele întreruperi, din 1816 până în anul 1821. După Revoluția lui Tudor Vladimirescu de la 1821 și venirea lui Grigore Dimitrie Ghica Vodă ca domn pământean, acesta a dispus, din ordinul sultanului, desființarea  școlilor grecești. Astfel, școala de la Biserica Obedeanu a devenit în 1822 o școală publică sub numele de Școala Domnească, cu curs primar și clase superioare, în care tinerimea Craiovei învăța limbile română, franceză și greacă. În primăvara anului 1825, dascălii Stanciu Căpățâneanu și Grigore Pleșoianu, elevi ai lui Gheorghe Lazăr și I. H. Rădulescu, înființează la Biserica Obedeanu Școala Națională de Limbă Română, de numele căreia se va lega întreaga evoluție ulterioară a învățământului craiovean.

În perioada 1826-1832, din cauza degradării localului și a condițiilor social-politice în acea vreme, când miliția pământeană i-a ocupat localul, școala a funcționat cu mari întreruperi. La 1832, prin grija lui Stanciu Căpățâneanu, Grigore Pleșoianu și Florian Aron, clasa a III-a a școlii împreună cu clasele umanioare (viitor gimnaziu) s-au mutat provizoriu în chiliile bisericii Madona Dudu, iar clasele I și a II-a au funcționat în continuare în localul școlii din curtea bisericii Obedeanu.

La biserica Obedeanu nu a fost numai școală, ci din marile sale venituri se făcuseră înăuntrul curții biserici și împrejurul acesteia încăperi în care își locuiau dascălii școlilor, doctori și „alte obraze mai scăpătate” (azil).

Degradare clădirilor a dus în timp la demolarea acestora, pe locul clădirilor și chiliilor de odinioară de lângă biserica Obedeanu urmând a fi construite: Școala de Băieți „Obedeanu” și Școala de Fete „Zoița Brâncoveanu”.

Conform istoricului bisericii Obedeanu, între cele două școli se află un imobil construit în anul 1900 cu destinația de Ospătărie școlară. Zidul despărțitor dintre biserică și școală a fost ridicat în 1968 din inițiativa școlii. De reținut că din tot ce a fost odinioară așezământul Obedeanu, astăzi mai dăinuie doar biserica și o parte din zidul ce împrejmuiește școala pe latura de apus și miazănoapte.

În această școală au învățat de-a lungul timpului multe personalități ca: Tudor Vladimirescu, Petrache Poenaru, Gheorghe Chițu, Theodor Aman, Alexandru Macedonski, Eugeniu Carada, Constantin Argetoianu, Gogu Constantinescu, Nicolae Titulescu, dr. Constantin Angelescu, Constantin Nicolăescu-Plopșor ș.a.