Istoria localității Fundeni pe meleagurile românești este legată de existența unor mari boieri. În aprilie 1733, comisul Mihai Cioranu și-a ridicat curtea boierească pe malul lacului Fundeni. Hotarul moșiei comisului Cioranu era vecin la miazăzi cu moșia boierilor Radu Dudescu, logofăt și fiul său, spătarul Constantin Dudescu, alți mari boieri de viță veche românească, care ridicaseră încă din 1732 actuala Biserică Sfântul Andrei de la Frunzănești, aflată astăzi în restaurare.
După Mihail Cioranu, urmașii lui au stăpânit moșia de la Fundeni până în 1840, când a devenit proprietatea lui N. Gherassy. Moșierul Gherassy a contractat la Paris datorii și, neputând să le achite, a fost silit să cedeze moșia avocatului Dumitru Mavrodin. Moșia Frunzănești a trecut în proprietatea boierului N. Amira, care nu a avut moștenitori și a donat-o statului. Comuna Fundeni a rezultat din contopirea satelor Fundeni și Frunzănești.
Biserica părăsită din Fundeni mai păstrează astăzi doar rămășite din zidul inițial, ruine ale bisericii și piatra unui mormânt. Piatra funerară a ctitorului, precum și cavoul familiei acestuia, profanat și distrus, sunt singurele mărturii ale trecutului.
În imediata apropiere a bisericii se afla gospodăria unor localnici care pot povesti multe despre locul și trecutul bisericii. Culese fie din auzite, fie din citite, istorioarele lor sunt foarte interesante.
În capătul sudic al localității, coborând cam un kilometru, se află noua biserică, deosebit de frumoasă și ea. În această biserica sătenii se adună la slujbe și la rugăciune, spre iertare, binecuvântare și mângâiere. Biserica este trecută în lista monumentelor istorice locale. În comuna Fundeni, slujesc două biserici. Ele poartă drept hramuri pe Sfântul Ioan Botezătorul și pe Sfântul Andrei.
La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna purta numele de Fundeni-Gherasi și făcea parte din plasa Dâmbovița a județului Ilfov. Avea în compunere satele Băduleasa, Dimache, Fundeni, Perișoru și Zoicaru, cu o populație totală de 1432 de locuitori ce trăiau în 300 de case. În comună existau o biserică, o școală mixtă, o moară de apă și o grădină botanică. La acea vreme, pe teritoriul actual al comunei, funcționa în aceeași plasă și comuna Frunzinești ce avea în satele Frunzinești, Lilieci, Pițigaia și Orasca 468 de locuitori ce trăiau în 110 case. Și aici erau o biserică, o școală mixtă și o moară de apă.
Până în 1925, mai multe sate au fost desființate și comasate, astfel că Anuarul Socec din acel an consemnează unirea celor două comune sub numele de Fundeni-Frunzănești, în plasa Pantelimon a aceluiași județ, având 2720 de locuitori și fiind compusă din satele Frunzănești, Fundeni, Lilieci și Păroaia.
În 1950, comuna Fundeni-Frunzănești (denumită începând de la un moment dat doar Fundeni) a fost transferată raionului Brănești și apoi (după 1952) raionului Oltenița din regiunea București. În 1968, comuna mai avea în compunere satele Fundeni, Frunzănești și Păroaia, dintre care ultimele două au fost atunci desființate și comasate cu satul Fundeni, rezultând comuna cu actuala alcătuire; ea a revenit la județul Ilfov, reînființat. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Călărași.
